[Dock-fans] Dock6.2 installation - possible failures judgment
Scott Brozell
sbrozell at scripps.edu
Wed Mar 26 00:26:52 PDT 2008
Hi,
On Mon, 17 Mar 2008, Ben Keshet wrote:
> I installed Dock6.2 and have several 'possible failures' after running
> 'make test'. I inspected the output of 'make check' and most failures
> were insignificant differences in tails of floating point. However,
> differences in the scores in secondary_conformers.dif and
> secondary_scores.dif(2,4, and 7) seem more significant. secondary7
> (primary + secondary with minimization) has huge differences in the grid
> and contact scores.
> Some of the .dif files are pasted below. I am running dock on a PC with
> cygwin. I would greatly appreciate if anyone experienced users could
> help me in judging the severity of these failures or suggest how to fix
> them.
>
> ./primary_secondary_score/secondary2_secondary_conformers.mol2.dif
secondary2.dockin does not specify a secondary score;
so test secondary2 cannot produce a _secondary_conformers.mol2 file.
Apparently the correct file name is
./primary_secondary_score/secondary2_conformers.mol2.dif
> 1734c1734
> < ########## Contact Score: -23.
> ---
> > ########## Contact Score: -22.
> 1748c1748
> < 8 O1 21. 7. 59. O.2 1 <0> -0.
> ---
> > 8 O1 21. 8. 58. O.2 1 <0> -0.
> 1754c1754
> < 14 H6 22. 9. 58. H 1 <0> 0.
> ---
> > 14 H6 21. 7. 59. H 1 <0> 0.
these are minor difs.
> 1773c1773
> < ########## Contact Score: -22.
> ---
> > ########## Contact Score: 0.
it is unusual for the score here to be close to zero, but this
could be due to the contact grid.
> 1780,1793c1780,1793
> < 1 C1 23. 11. 58. C.3 1 <0> -0.
> < 2 C2 23. 10. 59. C.2 1 <0> -0.
> < 3 C3 24. 11. 61. C.2 1 <0> -0.
> < 4 C4 23. 10. 62. C.2 1 <0> -0.
> < 5 S1 22. 9. 61. S.3 1 <0> 0.
> < 6 C5 22. 9. 60. C.2 1 <0> -0.
> < 7 C6 22. 8. 59. C.2 1 <0> 0.
> < 8 O1 21. 8. 58. O.2 1 <0> -0.
> < 9 H1 24. 12. 58. H 1 <0> 0.
> < 10 H2 24. 10. 57. H 1 <0> 0.
> < 11 H3 22. 11. 58. H 1 <0> 0.
> < 12 H4 24. 12. 60. H 1 <0> 0.
> < 13 H5 24. 11. 63. H 1 <0> 0.
> < 14 H6 21. 7. 59. H 1 <0> 0.
> ---
> > 1 C1 22. 12. 62. C.3 1 <0> -0.
> > 2 C2 21. 11. 62. C.2 1 <0> -0.
> > 3 C3 21. 11. 60. C.2 1 <0> -0.
> > 4 C4 21. 10. 60. C.2 1 <0> -0.
> > 5 S1 20. 9. 61. S.3 1 <0> 0.
> > 6 C5 20. 10. 62. C.2 1 <0> -0.
> > 7 C6 20. 10. 64. C.2 1 <0> 0.
> > 8 O1 19. 9. 64. O.2 1 <0> -0.
> > 9 H1 23. 13. 62. H 1 <0> 0.
> > 10 H2 21. 13. 63. H 1 <0> 0.
> > 11 H3 22. 12. 63. H 1 <0> 0.
> > 12 H4 22. 11. 60. H 1 <0> 0.
> > 13 H5 21. 9. 59. H 1 <0> 0.
> > 14 H6 20. 11. 64. H 1 <0> 0.
>
> ./primary_secondary_score/secondary4_secondary_conformers.mol2.dif
> 427,428c427,428
> < ########## Grid Score: 744809088.
> < ########## vdw: 744809088.
> ---
> > ########## Grid Score: 744808896.
> > ########## vdw: 744808896.
> 617,618c617,618
> < ########## Grid Score: 109571360.
> < ########## vdw: 109571360.
> ---
> > ########## Grid Score: 109571376.
> > ########## vdw: 109571376.
> 1297,1298c1297,1298
> < ########## Grid Score: 1116566784.
> < ########## vdw: 1116566784.
> ---
> > ########## Grid Score: 1116566912.
> > ########## vdw: 1116566912.
these are minor difs.
> ./primary_secondary_score/secondary7.dockout.dif
> 106c106
> < Contact Score: 95.
> ---
> > Contact Score: 44.
> 110,112c110,112
> < Grid Score: 5560.
> < vdw: 5561.
> < es: -0.
> ---
> > Grid Score: 78999.
> > vdw: 79001.
> > es: -1.
these are significant, but probably due to the grid.
> ./primary_secondary_score/secondary7_primary_conformers.mol2.dif
> 2c2
> < ########## Contact Score: 95.
> ---
> > ########## Contact Score: 44.
> 9,61c9,61
> < 1 C1 22. 9. 56. C.3 1 C1 -0.
> < 2 C10 23. 9. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 3 C19 24. 8. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 4 H27 24. 8. 58. H 1 C1 0.
> < 5 H26 25. 9. 57. H 1 C1 0.
> < 6 H25 24. 8. 56. H 1 C1 0.
> < 7 C9 22. 10. 58. C.3 1 C1 -0.
> < 8 C11 21. 9. 58. C.3 1 C1 -0.
> < 9 C12 20. 9. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 10 C13 21. 10. 61. C.3 1 C1 -0.
> < 11 C18 22. 9. 61. C.3 1 C1 -0.
> < 12 H24 22. 8. 63. H 1 C1 0.
> < 13 H23 23. 9. 61. H 1 C1 0.
> < 14 H22 22. 8. 61. H 1 C1 0.
> < 15 C17 20. 10. 62. C.3 1 C1 -0.
> < 16 C20 20. 9. 63. C.2 1 C1 0.
> < 17 C21 18. 9. 63. C.3 1 C1 -0.
> < 18 H30 18. 9. 63. H 1 C1 0.
> < 19 H29 19. 8. 63. H 1 C1 0.
> < 20 H28 18. 9. 62. H 1 C1 0.
> < 21 O2 20. 9. 64. O.2 1 C1 -0.
> < 22 H21 19. 11. 62. H 1 C1 0.
> < 23 C16 21. 11. 63. C.3 1 C1 -0.
> < 24 H20 21. 12. 63. H 1 C1 0.
> < 25 H19 22. 11. 63. H 1 C1 0.
> < 26 C15 22. 12. 61. C.3 1 C1 -0.
> < 27 H18 23. 13. 61. H 1 C1 0.
> < 28 H17 23. 11. 62. H 1 C1 0.
> < 29 C14 22. 11. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 30 H16 21. 12. 60. H 1 C1 0.
> < 31 C8 23. 11. 59. C.3 1 C1 -0.
> < 32 H10 24. 10. 59. H 1 C1 0.
> < 33 C7 24. 12. 59. C.3 1 C1 -0.
> < 34 H9 23. 12. 58. H 1 C1 0.
> < 35 H8 24. 12. 59. H 1 C1 0.
> < 36 C6 24. 12. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 37 H7 25. 13. 57. H 1 C1 0.
> < 38 H6 25. 11. 58. H 1 C1 0.
> < 39 C5 24. 11. 56. C.2 1 C1 -0.
> < 40 C4 24. 11. 55. C.2 1 C1 -0.
> < 41 H5 24. 12. 55. H 1 C1 0.
> < 42 C3 23. 10. 54. C.2 1 C1 0.
> < 43 O1 23. 11. 53. O.2 1 C1 -0.
> < 44 C2 23. 9. 54. C.3 1 C1 -0.
> < 45 H4 22. 9. 53. H 1 C1 0.
> < 46 H3 24. 8. 54. H 1 C1 0.
> < 47 H15 20. 8. 60. H 1 C1 0.
> < 48 H14 20. 10. 59. H 1 C1 0.
> < 49 H13 22. 8. 59. H 1 C1 0.
> < 50 H12 21. 8. 58. H 1 C1 0.
> < 51 H11 21. 11. 58. H 1 C1 0.
> < 52 H2 21. 10. 56. H 1 C1 0.
> < 53 H1 22. 8. 56. H 1 C1 0.
> ---
> > 1 C1 20. 12. 56. C.3 1 C1 -0.
> > 2 C10 21. 11. 56. C.3 1 C1 -0.
> > 3 C19 21. 9. 55. C.3 1 C1 -0.
> > 4 H27 21. 9. 56. H 1 C1 0.
> > 5 H26 22. 9. 54. H 1 C1 0.
> > 6 H25 20. 9. 55. H 1 C1 0.
> > 7 C9 22. 10. 57. C.3 1 C1 -0.
> > 8 C11 21. 10. 58. C.3 1 C1 -0.
> > 9 C12 21. 10. 60. C.3 1 C1 -0.
> > 10 C13 22. 9. 60. C.3 1 C1 -0.
> > 11 C18 22. 7. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 12 H24 22. 6. 60. H 1 C1 0.
> > 13 H23 23. 7. 58. H 1 C1 0.
> > 14 H22 21. 7. 59. H 1 C1 0.
> > 15 C17 23. 9. 61. C.3 1 C1 -0.
> > 16 C20 22. 8. 62. C.2 1 C1 0.
> > 17 C21 22. 8. 63. C.3 1 C1 -0.
> > 18 H30 22. 8. 64. H 1 C1 0.
> > 19 H29 21. 8. 63. H 1 C1 0.
> > 20 H28 22. 9. 63. H 1 C1 0.
> > 21 O2 23. 6. 62. O.2 1 C1 -0.
> > 22 H21 23. 9. 62. H 1 C1 0.
> > 23 C16 25. 8. 61. C.3 1 C1 -0.
> > 24 H20 25. 9. 61. H 1 C1 0.
> > 25 H19 25. 7. 61. H 1 C1 0.
> > 26 C15 25. 9. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 27 H18 26. 9. 59. H 1 C1 0.
> > 28 H17 25. 8. 59. H 1 C1 0.
> > 29 C14 24. 9. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 30 H16 24. 10. 59. H 1 C1 0.
> > 31 C8 23. 10. 57. C.3 1 C1 -0.
> > 32 H10 23. 9. 57. H 1 C1 0.
> > 33 C7 24. 10. 57. C.3 1 C1 -0.
> > 34 H9 24. 11. 57. H 1 C1 0.
> > 35 H8 25. 10. 57. H 1 C1 0.
> > 36 C6 24. 11. 55. C.3 1 C1 -0.
> > 37 H7 25. 11. 55. H 1 C1 0.
> > 38 H6 24. 10. 55. H 1 C1 0.
> > 39 C5 23. 11. 55. C.2 1 C1 -0.
> > 40 C4 23. 12. 54. C.2 1 C1 -0.
> > 41 H5 24. 13. 54. H 1 C1 0.
> > 42 C3 21. 13. 54. C.2 1 C1 0.
> > 43 O1 21. 14. 53. O.2 1 C1 -0.
> > 44 C2 20. 12. 55. C.3 1 C1 -0.
> > 45 H4 19. 13. 55. H 1 C1 0.
> > 46 H3 20. 12. 54. H 1 C1 0.
> > 47 H15 20. 9. 60. H 1 C1 0.
> > 48 H14 21. 10. 60. H 1 C1 0.
> > 49 H13 20. 9. 58. H 1 C1 0.
> > 50 H12 20. 10. 58. H 1 C1 0.
> > 51 H11 22. 11. 58. H 1 C1 0.
> > 52 H2 20. 12. 57. H 1 C1 0.
> > 53 H1 19. 11. 56. H 1 C1 0.
> 122c122
> < ########## Contact Score: 110.
> ---
> > ########## Contact Score: 218.
> 129,181c129,181
> < 1 C1 20. 8. 62. C.3 1 C1 -0.
> < 2 C10 22. 9. 62. C.3 1 C1 -0.
> < 3 C19 21. 10. 62. C.3 1 C1 -0.
> < 4 H27 21. 11. 61. H 1 C1 0.
> < 5 H26 22. 10. 63. H 1 C1 0.
> < 6 H25 20. 10. 63. H 1 C1 0.
> < 7 C9 22. 9. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 8 C11 20. 9. 59. C.3 1 C1 -0.
> < 9 C12 20. 9. 58. C.3 1 C1 -0.
> < 10 C13 22. 10. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 11 C18 22. 11. 58. C.3 1 C1 -0.
> < 12 H24 22. 12. 57. H 1 C1 0.
> < 13 H23 22. 12. 58. H 1 C1 0.
> < 14 H22 21. 12. 58. H 1 C1 0.
> < 15 C17 22. 9. 56. C.3 1 C1 -0.
> < 16 C20 21. 10. 55. C.2 1 C1 0.
> < 17 C21 20. 10. 54. C.3 1 C1 -0.
> < 18 H30 20. 9. 53. H 1 C1 0.
> < 19 H29 19. 10. 55. H 1 C1 0.
> < 20 H28 20. 9. 55. H 1 C1 0.
> < 21 O2 22. 11. 54. O.2 1 C1 -0.
> < 22 H21 22. 8. 56. H 1 C1 0.
> < 23 C16 24. 10. 56. C.3 1 C1 -0.
> < 24 H20 24. 9. 55. H 1 C1 0.
> < 25 H19 24. 11. 55. H 1 C1 0.
> < 26 C15 24. 10. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 27 H18 25. 9. 57. H 1 C1 0.
> < 28 H17 24. 11. 58. H 1 C1 0.
> < 29 C14 23. 9. 58. C.3 1 C1 -0.
> < 30 H16 23. 8. 58. H 1 C1 0.
> < 31 C8 23. 9. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 32 H10 23. 10. 60. H 1 C1 0.
> < 33 C7 24. 9. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 34 H9 24. 8. 60. H 1 C1 0.
> < 35 H8 25. 9. 60. H 1 C1 0.
> < 36 C6 24. 9. 62. C.3 1 C1 -0.
> < 37 H7 25. 8. 62. H 1 C1 0.
> < 38 H6 24. 10. 62. H 1 C1 0.
> < 39 C5 23. 8. 62. C.2 1 C1 -0.
> < 40 C4 23. 7. 63. C.2 1 C1 -0.
> < 41 H5 24. 7. 64. H 1 C1 0.
> < 42 C3 22. 7. 64. C.2 1 C1 0.
> < 43 O1 22. 6. 65. O.2 1 C1 -0.
> < 44 C2 20. 8. 64. C.3 1 C1 -0.
> < 45 H4 20. 7. 64. H 1 C1 0.
> < 46 H3 20. 8. 64. H 1 C1 0.
> < 47 H15 20. 9. 57. H 1 C1 0.
> < 48 H14 21. 8. 58. H 1 C1 0.
> < 49 H13 20. 10. 60. H 1 C1 0.
> < 50 H12 20. 9. 60. H 1 C1 0.
> < 51 H11 22. 8. 60. H 1 C1 0.
> < 52 H2 20. 7. 62. H 1 C1 0.
> < 53 H1 19. 8. 62. H 1 C1 0.
> ---
> > 1 C1 22. 10. 63. C.3 1 C1 -0.
> > 2 C10 22. 10. 61. C.3 1 C1 -0.
> > 3 C19 23. 9. 61. C.3 1 C1 -0.
> > 4 H27 24. 9. 61. H 1 C1 0.
> > 5 H26 23. 8. 61. H 1 C1 0.
> > 6 H25 24. 9. 62. H 1 C1 0.
> > 7 C9 22. 11. 60. C.3 1 C1 -0.
> > 8 C11 23. 12. 60. C.3 1 C1 -0.
> > 9 C12 23. 13. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 10 C13 23. 12. 58. C.3 1 C1 -0.
> > 11 C18 25. 11. 58. C.3 1 C1 -0.
> > 12 H24 25. 12. 57. H 1 C1 0.
> > 13 H23 24. 10. 57. H 1 C1 0.
> > 14 H22 25. 11. 58. H 1 C1 0.
> > 15 C17 23. 13. 57. C.3 1 C1 -0.
> > 16 C20 24. 14. 56. C.2 1 C1 0.
> > 17 C21 25. 14. 57. C.3 1 C1 -0.
> > 18 H30 25. 15. 57. H 1 C1 0.
> > 19 H29 26. 14. 57. H 1 C1 0.
> > 20 H28 25. 14. 58. H 1 C1 0.
> > 21 O2 24. 14. 55. O.2 1 C1 -0.
> > 22 H21 22. 14. 57. H 1 C1 0.
> > 23 C16 22. 12. 55. C.3 1 C1 -0.
> > 24 H20 22. 12. 55. H 1 C1 0.
> > 25 H19 23. 12. 55. H 1 C1 0.
> > 26 C15 22. 11. 56. C.3 1 C1 -0.
> > 27 H18 21. 10. 56. H 1 C1 0.
> > 28 H17 23. 10. 56. H 1 C1 0.
> > 29 C14 22. 11. 58. C.3 1 C1 -0.
> > 30 H16 21. 12. 58. H 1 C1 0.
> > 31 C8 22. 10. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 32 H10 23. 9. 59. H 1 C1 0.
> > 33 C7 21. 9. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 34 H9 20. 10. 59. H 1 C1 0.
> > 35 H8 21. 9. 58. H 1 C1 0.
> > 36 C6 21. 8. 60. C.3 1 C1 -0.
> > 37 H7 20. 8. 60. H 1 C1 0.
> > 38 H6 21. 7. 60. H 1 C1 0.
> > 39 C5 21. 9. 61. C.2 1 C1 -0.
> > 40 C4 20. 8. 62. C.2 1 C1 -0.
> > 41 H5 19. 8. 62. H 1 C1 0.
> > 42 C3 20. 9. 63. C.2 1 C1 0.
> > 43 O1 19. 8. 64. O.2 1 C1 -0.
> > 44 C2 21. 9. 64. C.3 1 C1 -0.
> > 45 H4 21. 10. 65. H 1 C1 0.
> > 46 H3 22. 9. 64. H 1 C1 0.
> > 47 H15 24. 13. 59. H 1 C1 0.
> > 48 H14 22. 13. 59. H 1 C1 0.
> > 49 H13 24. 11. 60. H 1 C1 0.
> > 50 H12 23. 12. 61. H 1 C1 0.
> > 51 H11 21. 11. 60. H 1 C1 0.
> > 52 H2 21. 11. 63. H 1 C1 0.
> > 53 H1 23. 11. 63. H 1 C1 0.
> 242c242
> < ########## Contact Score: 163.
> ---
> > ########## Contact Score: 225.
> 249,301c249,301
> < 1 C1 22. 12. 63. C.3 1 C1 -0.
> < 2 C10 22. 10. 62. C.3 1 C1 -0.
> < 3 C19 24. 10. 62. C.3 1 C1 -0.
> < 4 H27 24. 10. 61. H 1 C1 0.
> < 5 H26 24. 9. 62. H 1 C1 0.
> < 6 H25 24. 10. 62. H 1 C1 0.
> < 7 C9 22. 11. 61. C.3 1 C1 -0.
> < 8 C11 22. 12. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 9 C12 22. 12. 58. C.3 1 C1 -0.
> < 10 C13 22. 11. 58. C.3 1 C1 -0.
> < 11 C18 23. 10. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 12 H24 23. 10. 56. H 1 C1 0.
> < 13 H23 23. 9. 57. H 1 C1 0.
> < 14 H22 24. 11. 58. H 1 C1 0.
> < 15 C17 21. 11. 56. C.3 1 C1 -0.
> < 16 C20 22. 12. 55. C.2 1 C1 0.
> < 17 C21 23. 13. 55. C.3 1 C1 -0.
> < 18 H30 22. 14. 55. H 1 C1 0.
> < 19 H29 24. 13. 55. H 1 C1 0.
> < 20 H28 23. 13. 56. H 1 C1 0.
> < 21 O2 21. 12. 54. O.2 1 C1 -0.
> < 22 H21 20. 12. 56. H 1 C1 0.
> < 23 C16 21. 10. 56. C.3 1 C1 -0.
> < 24 H20 19. 10. 56. H 1 C1 0.
> < 25 H19 21. 9. 55. H 1 C1 0.
> < 26 C15 21. 9. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 27 H18 20. 8. 57. H 1 C1 0.
> < 28 H17 22. 8. 57. H 1 C1 0.
> < 29 C14 21. 10. 58. C.3 1 C1 -0.
> < 30 H16 20. 10. 58. H 1 C1 0.
> < 31 C8 22. 9. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 32 H10 23. 9. 59. H 1 C1 0.
> < 33 C7 21. 8. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 34 H9 20. 9. 60. H 1 C1 0.
> < 35 H8 21. 7. 60. H 1 C1 0.
> < 36 C6 21. 8. 62. C.3 1 C1 -0.
> < 37 H7 20. 7. 62. H 1 C1 0.
> < 38 H6 22. 7. 61. H 1 C1 0.
> < 39 C5 21. 9. 63. C.2 1 C1 -0.
> < 40 C4 21. 9. 64. C.2 1 C1 -0.
> < 41 H5 20. 8. 64. H 1 C1 0.
> < 42 C3 21. 10. 65. C.2 1 C1 0.
> < 43 O1 21. 10. 66. O.2 1 C1 -0.
> < 44 C2 22. 11. 64. C.3 1 C1 -0.
> < 45 H4 22. 12. 65. H 1 C1 0.
> < 46 H3 23. 11. 65. H 1 C1 0.
> < 47 H15 22. 13. 58. H 1 C1 0.
> < 48 H14 21. 12. 59. H 1 C1 0.
> < 49 H13 23. 11. 60. H 1 C1 0.
> < 50 H12 22. 13. 60. H 1 C1 0.
> < 51 H11 21. 11. 61. H 1 C1 0.
> < 52 H2 21. 12. 63. H 1 C1 0.
> < 53 H1 23. 12. 63. H 1 C1 0.
> ---
> > 1 C1 23. 10. 56. C.3 1 C1 -0.
> > 2 C10 22. 9. 57. C.3 1 C1 -0.
> > 3 C19 21. 9. 57. C.3 1 C1 -0.
> > 4 H27 20. 10. 58. H 1 C1 0.
> > 5 H26 20. 8. 57. H 1 C1 0.
> > 6 H25 20. 10. 56. H 1 C1 0.
> > 7 C9 23. 10. 58. C.3 1 C1 -0.
> > 8 C11 23. 12. 58. C.3 1 C1 -0.
> > 9 C12 23. 12. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 10 C13 23. 12. 61. C.3 1 C1 -0.
> > 11 C18 21. 12. 61. C.3 1 C1 -0.
> > 12 H24 21. 12. 62. H 1 C1 0.
> > 13 H23 21. 11. 61. H 1 C1 0.
> > 14 H22 21. 12. 60. H 1 C1 0.
> > 15 C17 24. 12. 62. C.3 1 C1 -0.
> > 16 C20 23. 14. 62. C.2 1 C1 0.
> > 17 C21 24. 15. 62. C.3 1 C1 -0.
> > 18 H30 24. 15. 63. H 1 C1 0.
> > 19 H29 23. 15. 61. H 1 C1 0.
> > 20 H28 24. 15. 61. H 1 C1 0.
> > 21 O2 22. 14. 63. O.2 1 C1 -0.
> > 22 H21 25. 13. 62. H 1 C1 0.
> > 23 C16 24. 11. 63. C.3 1 C1 -0.
> > 24 H20 25. 11. 63. H 1 C1 0.
> > 25 H19 23. 11. 64. H 1 C1 0.
> > 26 C15 23. 10. 62. C.3 1 C1 -0.
> > 27 H18 24. 9. 62. H 1 C1 0.
> > 28 H17 22. 10. 62. H 1 C1 0.
> > 29 C14 23. 10. 61. C.3 1 C1 -0.
> > 30 H16 24. 10. 60. H 1 C1 0.
> > 31 C8 23. 9. 60. C.3 1 C1 -0.
> > 32 H10 22. 9. 60. H 1 C1 0.
> > 33 C7 23. 8. 60. C.3 1 C1 -0.
> > 34 H9 24. 8. 60. H 1 C1 0.
> > 35 H8 23. 8. 61. H 1 C1 0.
> > 36 C6 23. 7. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 37 H7 23. 6. 59. H 1 C1 0.
> > 38 H6 22. 7. 59. H 1 C1 0.
> > 39 C5 23. 8. 57. C.2 1 C1 -0.
> > 40 C4 23. 7. 56. C.2 1 C1 -0.
> > 41 H5 24. 6. 56. H 1 C1 0.
> > 42 C3 23. 7. 55. C.2 1 C1 0.
> > 43 O1 24. 7. 54. O.2 1 C1 -0.
> > 44 C2 23. 9. 54. C.3 1 C1 -0.
> > 45 H4 23. 9. 54. H 1 C1 0.
> > 46 H3 22. 9. 54. H 1 C1 0.
> > 47 H15 23. 13. 59. H 1 C1 0.
> > 48 H14 24. 12. 59. H 1 C1 0.
> > 49 H13 22. 12. 58. H 1 C1 0.
> > 50 H12 23. 12. 57. H 1 C1 0.
> > 51 H11 24. 10. 58. H 1 C1 0.
> > 52 H2 24. 10. 56. H 1 C1 0.
> > 53 H1 22. 11. 55. H 1 C1 0.
> 362c362
> < ########## Contact Score: 225.
> ---
> > ########## Contact Score: 286.
> 385,389c385,389
> < 17 C21 24. 15. 62. C.3 1 C1 -0.
> < 18 H30 24. 15. 63. H 1 C1 0.
> < 19 H29 23. 15. 61. H 1 C1 0.
> < 20 H28 24. 15. 61. H 1 C1 0.
> < 21 O2 22. 14. 63. O.2 1 C1 -0.
> ---
> > 17 C21 22. 15. 62. C.3 1 C1 -0.
> > 18 H30 23. 16. 61. H 1 C1 0.
> > 19 H29 21. 15. 62. H 1 C1 0.
> > 20 H28 22. 14. 61. H 1 C1 0.
> > 21 O2 23. 14. 64. O.2 1 C1 -0.
> 482c482
> < ########## Contact Score: 268.
> ---
> > ########## Contact Score: 286.
> 489,541c489,541
> < 1 C1 20. 10. 63. C.3 1 C1 -0.
> < 2 C10 21. 9. 62. C.3 1 C1 -0.
> < 3 C19 22. 8. 63. C.3 1 C1 -0.
> < 4 H27 23. 8. 62. H 1 C1 0.
> < 5 H26 21. 7. 63. H 1 C1 0.
> < 6 H25 22. 8. 64. H 1 C1 0.
> < 7 C9 21. 10. 61. C.3 1 C1 -0.
> < 8 C11 23. 11. 61. C.3 1 C1 -0.
> < 9 C12 23. 11. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 10 C13 23. 10. 59. C.3 1 C1 -0.
> < 11 C18 24. 9. 59. C.3 1 C1 -0.
> < 12 H24 25. 9. 58. H 1 C1 0.
> < 13 H23 24. 8. 59. H 1 C1 0.
> < 14 H22 25. 9. 60. H 1 C1 0.
> < 15 C17 23. 11. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 16 C20 25. 11. 57. C.2 1 C1 0.
> < 17 C21 25. 13. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 18 H30 26. 13. 56. H 1 C1 0.
> < 19 H29 26. 13. 58. H 1 C1 0.
> < 20 H28 24. 13. 57. H 1 C1 0.
> < 21 O2 26. 11. 56. O.2 1 C1 -0.
> < 22 H21 23. 12. 57. H 1 C1 0.
> < 23 C16 23. 10. 56. C.3 1 C1 -0.
> < 24 H20 22. 10. 55. H 1 C1 0.
> < 25 H19 24. 9. 56. H 1 C1 0.
> < 26 C15 22. 9. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 27 H18 21. 9. 57. H 1 C1 0.
> < 28 H17 22. 8. 57. H 1 C1 0.
> < 29 C14 22. 10. 58. C.3 1 C1 -0.
> < 30 H16 21. 10. 58. H 1 C1 0.
> < 31 C8 21. 9. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 32 H10 22. 8. 60. H 1 C1 0.
> < 33 C7 20. 8. 59. C.3 1 C1 -0.
> < 34 H9 19. 9. 59. H 1 C1 0.
> < 35 H8 20. 8. 58. H 1 C1 0.
> < 36 C6 19. 8. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 37 H7 18. 7. 60. H 1 C1 0.
> < 38 H6 20. 7. 61. H 1 C1 0.
> < 39 C5 19. 8. 62. C.2 1 C1 -0.
> < 40 C4 18. 8. 62. C.2 1 C1 -0.
> < 41 H5 17. 8. 62. H 1 C1 0.
> < 42 C3 18. 9. 64. C.2 1 C1 0.
> < 43 O1 17. 9. 64. O.2 1 C1 -0.
> < 44 C2 20. 10. 64. C.3 1 C1 -0.
> < 45 H4 19. 11. 65. H 1 C1 0.
> < 46 H3 20. 9. 65. H 1 C1 0.
> < 47 H15 24. 12. 60. H 1 C1 0.
> < 48 H14 22. 12. 59. H 1 C1 0.
> < 49 H13 23. 10. 61. H 1 C1 0.
> < 50 H12 22. 11. 62. H 1 C1 0.
> < 51 H11 21. 11. 61. H 1 C1 0.
> < 52 H2 20. 11. 63. H 1 C1 0.
> < 53 H1 21. 11. 64. H 1 C1 0.
> ---
> > 1 C1 23. 10. 56. C.3 1 C1 -0.
> > 2 C10 22. 9. 57. C.3 1 C1 -0.
> > 3 C19 21. 9. 57. C.3 1 C1 -0.
> > 4 H27 20. 10. 58. H 1 C1 0.
> > 5 H26 20. 8. 57. H 1 C1 0.
> > 6 H25 20. 10. 56. H 1 C1 0.
> > 7 C9 23. 10. 58. C.3 1 C1 -0.
> > 8 C11 23. 12. 58. C.3 1 C1 -0.
> > 9 C12 23. 12. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 10 C13 23. 12. 61. C.3 1 C1 -0.
> > 11 C18 21. 12. 61. C.3 1 C1 -0.
> > 12 H24 21. 12. 62. H 1 C1 0.
> > 13 H23 21. 11. 61. H 1 C1 0.
> > 14 H22 21. 12. 60. H 1 C1 0.
> > 15 C17 24. 12. 62. C.3 1 C1 -0.
> > 16 C20 23. 14. 62. C.2 1 C1 0.
> > 17 C21 24. 15. 63. C.3 1 C1 -0.
> > 18 H30 24. 15. 64. H 1 C1 0.
> > 19 H29 24. 16. 62. H 1 C1 0.
> > 20 H28 25. 14. 63. H 1 C1 0.
> > 21 O2 22. 14. 62. O.2 1 C1 -0.
> > 22 H21 25. 13. 62. H 1 C1 0.
> > 23 C16 24. 11. 63. C.3 1 C1 -0.
> > 24 H20 25. 11. 63. H 1 C1 0.
> > 25 H19 23. 11. 64. H 1 C1 0.
> > 26 C15 23. 10. 62. C.3 1 C1 -0.
> > 27 H18 24. 9. 62. H 1 C1 0.
> > 28 H17 22. 10. 62. H 1 C1 0.
> > 29 C14 23. 10. 61. C.3 1 C1 -0.
> > 30 H16 24. 10. 60. H 1 C1 0.
> > 31 C8 23. 9. 60. C.3 1 C1 -0.
> > 32 H10 22. 9. 60. H 1 C1 0.
> > 33 C7 23. 8. 60. C.3 1 C1 -0.
> > 34 H9 24. 8. 60. H 1 C1 0.
> > 35 H8 23. 8. 61. H 1 C1 0.
> > 36 C6 23. 7. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 37 H7 23. 6. 59. H 1 C1 0.
> > 38 H6 22. 7. 59. H 1 C1 0.
> > 39 C5 23. 8. 57. C.2 1 C1 -0.
> > 40 C4 23. 7. 56. C.2 1 C1 -0.
> > 41 H5 24. 6. 56. H 1 C1 0.
> > 42 C3 23. 7. 55. C.2 1 C1 0.
> > 43 O1 24. 7. 54. O.2 1 C1 -0.
> > 44 C2 23. 9. 54. C.3 1 C1 -0.
> > 45 H4 23. 9. 54. H 1 C1 0.
> > 46 H3 22. 9. 54. H 1 C1 0.
> > 47 H15 23. 13. 59. H 1 C1 0.
> > 48 H14 24. 12. 59. H 1 C1 0.
> > 49 H13 22. 12. 58. H 1 C1 0.
> > 50 H12 23. 12. 57. H 1 C1 0.
> > 51 H11 24. 10. 58. H 1 C1 0.
> > 52 H2 24. 10. 56. H 1 C1 0.
> > 53 H1 22. 11. 55. H 1 C1 0.
these are probably minor difs.
> ./primary_secondary_score/secondary7_primary_scored.mol2.dif
> 2c2
> < ########## Contact Score: 95.
> ---
> > ########## Contact Score: 44.
> 9,61c9,61
> < 1 C1 22. 9. 56. C.3 1 C1 -0.
> < 2 C10 23. 9. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 3 C19 24. 8. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 4 H27 24. 8. 58. H 1 C1 0.
> < 5 H26 25. 9. 57. H 1 C1 0.
> < 6 H25 24. 8. 56. H 1 C1 0.
> < 7 C9 22. 10. 58. C.3 1 C1 -0.
> < 8 C11 21. 9. 58. C.3 1 C1 -0.
> < 9 C12 20. 9. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 10 C13 21. 10. 61. C.3 1 C1 -0.
> < 11 C18 22. 9. 61. C.3 1 C1 -0.
> < 12 H24 22. 8. 63. H 1 C1 0.
> < 13 H23 23. 9. 61. H 1 C1 0.
> < 14 H22 22. 8. 61. H 1 C1 0.
> < 15 C17 20. 10. 62. C.3 1 C1 -0.
> < 16 C20 20. 9. 63. C.2 1 C1 0.
> < 17 C21 18. 9. 63. C.3 1 C1 -0.
> < 18 H30 18. 9. 63. H 1 C1 0.
> < 19 H29 19. 8. 63. H 1 C1 0.
> < 20 H28 18. 9. 62. H 1 C1 0.
> < 21 O2 20. 9. 64. O.2 1 C1 -0.
> < 22 H21 19. 11. 62. H 1 C1 0.
> < 23 C16 21. 11. 63. C.3 1 C1 -0.
> < 24 H20 21. 12. 63. H 1 C1 0.
> < 25 H19 22. 11. 63. H 1 C1 0.
> < 26 C15 22. 12. 61. C.3 1 C1 -0.
> < 27 H18 23. 13. 61. H 1 C1 0.
> < 28 H17 23. 11. 62. H 1 C1 0.
> < 29 C14 22. 11. 60. C.3 1 C1 -0.
> < 30 H16 21. 12. 60. H 1 C1 0.
> < 31 C8 23. 11. 59. C.3 1 C1 -0.
> < 32 H10 24. 10. 59. H 1 C1 0.
> < 33 C7 24. 12. 59. C.3 1 C1 -0.
> < 34 H9 23. 12. 58. H 1 C1 0.
> < 35 H8 24. 12. 59. H 1 C1 0.
> < 36 C6 24. 12. 57. C.3 1 C1 -0.
> < 37 H7 25. 13. 57. H 1 C1 0.
> < 38 H6 25. 11. 58. H 1 C1 0.
> < 39 C5 24. 11. 56. C.2 1 C1 -0.
> < 40 C4 24. 11. 55. C.2 1 C1 -0.
> < 41 H5 24. 12. 55. H 1 C1 0.
> < 42 C3 23. 10. 54. C.2 1 C1 0.
> < 43 O1 23. 11. 53. O.2 1 C1 -0.
> < 44 C2 23. 9. 54. C.3 1 C1 -0.
> < 45 H4 22. 9. 53. H 1 C1 0.
> < 46 H3 24. 8. 54. H 1 C1 0.
> < 47 H15 20. 8. 60. H 1 C1 0.
> < 48 H14 20. 10. 59. H 1 C1 0.
> < 49 H13 22. 8. 59. H 1 C1 0.
> < 50 H12 21. 8. 58. H 1 C1 0.
> < 51 H11 21. 11. 58. H 1 C1 0.
> < 52 H2 21. 10. 56. H 1 C1 0.
> < 53 H1 22. 8. 56. H 1 C1 0.
> ---
> > 1 C1 20. 12. 56. C.3 1 C1 -0.
> > 2 C10 21. 11. 56. C.3 1 C1 -0.
> > 3 C19 21. 9. 55. C.3 1 C1 -0.
> > 4 H27 21. 9. 56. H 1 C1 0.
> > 5 H26 22. 9. 54. H 1 C1 0.
> > 6 H25 20. 9. 55. H 1 C1 0.
> > 7 C9 22. 10. 57. C.3 1 C1 -0.
> > 8 C11 21. 10. 58. C.3 1 C1 -0.
> > 9 C12 21. 10. 60. C.3 1 C1 -0.
> > 10 C13 22. 9. 60. C.3 1 C1 -0.
> > 11 C18 22. 7. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 12 H24 22. 6. 60. H 1 C1 0.
> > 13 H23 23. 7. 58. H 1 C1 0.
> > 14 H22 21. 7. 59. H 1 C1 0.
> > 15 C17 23. 9. 61. C.3 1 C1 -0.
> > 16 C20 22. 8. 62. C.2 1 C1 0.
> > 17 C21 22. 8. 63. C.3 1 C1 -0.
> > 18 H30 22. 8. 64. H 1 C1 0.
> > 19 H29 21. 8. 63. H 1 C1 0.
> > 20 H28 22. 9. 63. H 1 C1 0.
> > 21 O2 23. 6. 62. O.2 1 C1 -0.
> > 22 H21 23. 9. 62. H 1 C1 0.
> > 23 C16 25. 8. 61. C.3 1 C1 -0.
> > 24 H20 25. 9. 61. H 1 C1 0.
> > 25 H19 25. 7. 61. H 1 C1 0.
> > 26 C15 25. 9. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 27 H18 26. 9. 59. H 1 C1 0.
> > 28 H17 25. 8. 59. H 1 C1 0.
> > 29 C14 24. 9. 59. C.3 1 C1 -0.
> > 30 H16 24. 10. 59. H 1 C1 0.
> > 31 C8 23. 10. 57. C.3 1 C1 -0.
> > 32 H10 23. 9. 57. H 1 C1 0.
> > 33 C7 24. 10. 57. C.3 1 C1 -0.
> > 34 H9 24. 11. 57. H 1 C1 0.
> > 35 H8 25. 10. 57. H 1 C1 0.
> > 36 C6 24. 11. 55. C.3 1 C1 -0.
> > 37 H7 25. 11. 55. H 1 C1 0.
> > 38 H6 24. 10. 55. H 1 C1 0.
> > 39 C5 23. 11. 55. C.2 1 C1 -0.
> > 40 C4 23. 12. 54. C.2 1 C1 -0.
> > 41 H5 24. 13. 54. H 1 C1 0.
> > 42 C3 21. 13. 54. C.2 1 C1 0.
> > 43 O1 21. 14. 53. O.2 1 C1 -0.
> > 44 C2 20. 12. 55. C.3 1 C1 -0.
> > 45 H4 19. 13. 55. H 1 C1 0.
> > 46 H3 20. 12. 54. H 1 C1 0.
> > 47 H15 20. 9. 60. H 1 C1 0.
> > 48 H14 21. 10. 60. H 1 C1 0.
> > 49 H13 20. 9. 58. H 1 C1 0.
> > 50 H12 20. 10. 58. H 1 C1 0.
> > 51 H11 22. 11. 58. H 1 C1 0.
> > 52 H2 20. 12. 57. H 1 C1 0.
> > 53 H1 19. 11. 56. H 1 C1 0.
these are probably minor difs.
It looks like the sources of all these differences are platform
dependencies from computer hardware, operating systems, and compilers
that affect the grids.
Scott
More information about the Dock-fans
mailing list