Dear Dock users,<br><br>I am a beginner of using dock. I just have finished my first dock experiment using the tutorials posted in <br><a href="http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/tutorials/index.htm">http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/tutorials/index.htm
</a>.<br><br>I compared the results I obtained in My experiment (attached are two files, My_flex_scored.mol2 and My_rigid_scored.mol2) and the results posted in the tutorial <br>(attached are other two files, (Tutorial_flex_scored.mol2 and Tutorial_rigid_scored.mol2).
<br><br>I found that there is a good agreement between the obtained and the posted VDW results. However, a huge difference within the range of 8-9 was observed in<br>both the case of grid score and electrostatic interaction. 
<br><br>I actually have two questions:<br>The first: why this difference happened? is there a problem in my compilers that has led to this difference? if yes, how can I solve it?<br>The second: how can I calculate the free energy of binding (delta G) by using the above values?
<br><br>I do appreciate any response to my issue<br>Great Regards<br>Hassan Shallal<br>University of the Pacific<br>California<br>