Hi, I am new in this mailing list but found chimera more useful than

any other software. I was building a protein that contain HEME. When I

was calculating the charge using chimera interface, then it is asking

for HEM[FE] and HEM[nonFE] formal charge. I know chimera is using MMTK

and AMBER forcefield. If I will give the default value then it is

assigning +2 charge to Fe, which is not a match based on AMBER

forcefield.&nbsp; Meanwhile I try to change the Formal charge manually, but

still it gives the same +2 for Fe. Anybody used chimera to prepare a

protein having heme for dock or geometry build. <br><br>&nbsp;My another question is: Is it possible in chimera to merge non polar hydrogen charges on the heavy atoms, the technique used in

autodock. <br><br>I will highly appreciate your help and suggestions in this matter.<br>

thanks in advance.