<br><font size=2 face="sans-serif">Per John's suggestion I am using this
list, I am certainly willing to use any of these lists and contribute if
I can.</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Also related to conformers, Terry was
kind enough to put together a small movie for us but never got info. how
to generate the full ligands for a movie that shows the process of docking
using DOCK6. &nbsp;Any comments on this matter would also be appreciated.</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">I think that &quot;if&quot; enough info.
is provided and not used as a default, most users are going to stay away
from such a verbose option. &nbsp;However, once you know what you'll get
this info. is very useful. &nbsp;Just by looking at the final anchor selected
for growth, you immediately see why in some cases the wrong pose is predicted.</font>
<br>
<br>
<br>
<table width=100%>
<tr valign=top>
<td><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">From:</font>
<td><font size=1 face="sans-serif">Scott Brozell &lt;sbrozell@scripps.edu&gt;</font>
<tr valign=top>
<td><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">To:</font>
<td><font size=1 face="sans-serif">Carlos P Sosa &lt;cpsosa@msi.umn.edu&gt;</font>
<tr>
<td valign=top><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">Cc:</font>
<td><font size=1 face="sans-serif">Dockdev@docking.org</font>
<tr valign=top>
<td><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">Date:</font>
<td><font size=1 face="sans-serif">09/18/2008 06:38 PM</font>
<tr valign=top>
<td><font size=1 color=#5f5f5f face="sans-serif">Subject:</font>
<td><font size=1 face="sans-serif">Re: [Dockdev] write_orientations</font></table>
<br>
<hr noshade>
<br>
<br>
<br><tt><font size=2>Hi,<br>
<br>
My preference is to send these operational questions to dock-fans<br>
in the hope that someone besides John or me will answer them.<br>
By the way, I invite comments on ways to foster more user<br>
participation on answering dock-fans.<br>
<br>
ECho, Echo, echo.<br>
<br>
I recall conversations with Terry, where writing growth was discussed;<br>
I think the concensus was that this would just blow up in the hands <br>
of users due to the multiplicative file size growth.<br>
But I think she did emit such info during her pruning algorithm <br>
studies. &nbsp;You should seek out the great east bay oracle<br>
(and follow up with a summary here).<br>
<br>
<br>
Ok, so this one might have a development aspect.<br>
<br>
Scott<br>
<br>
<br>
Where does a pirate dock his ship ?<br>
In an AARRRRRRRRbor<br>
:)<br>
<br>
On Thu, 18 Sep 2008, Carlos P Sosa wrote:<br>
<br>
&gt; Activating these two flags create a mol2 file with only info. about
the<br>
&gt; anchor. &nbsp;Is there a way to get anchor plus more layers?<br>
&gt; <br>
&gt; write_orientations &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; no<br>
&gt; num_scored_conformers_written &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1<br>
&gt; <br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dockdev mailing list<br>
Dockdev@docking.org<br>
</font></tt><a href=http://blur.compbio.ucsf.edu/mailman/listinfo/dockdev><tt><font size=2>http://blur.compbio.ucsf.edu/mailman/listinfo/dockdev</font></tt></a><tt><font size=2><br>
</font></tt>
<br>
<br>